清华古洞交通极其便利，位于祥云县城南3公里的昆畹公路南侧；属喀斯特地形石岩溶洞，洞中有洞，洞中有天，主洞洞底尤为壮观，阔可容数千人，四壁石笋、石柱、石合天工自成，琳琅满目。明代大旅行家徐霞容两次临洞考察；李元阳、郭松年、杨慎等历代官宝墨容多次游此，留下摩崖题刻共计24处。
洞口
来到清华古洞我们就不得不说新石器文化。1961年，考古学家在清华古洞前洞发现了新石器时代遗址，出士了很多文物。文化层（地质术语）厚30余米，内有大量的红烧士、炭屑、陶片，还有一些生广用具，有石锛、长条形石刀、新月形石刀、石斧、陶罐、陶纺轮等。清华古洞是祥云发现的最早的人类居住遠址之一，为滇西5000年新石器人类文明的典型洞穴遗址，新石器时代古人类遗址为代表的 “石器文化”见证了祥云悠久的历史，一下子穿越到了古人类时期。1988年5月27日，清华古洞被大理州人民政府公布为第一批州级重点文物保护单位。
崖壁上有很多题字，这就是摩崖题刻。李元阳、郭松年、杨慎等历代官宦墨容都在此留下了 “清华洞天〞“别有洞天”“坐卧云烟” 等秀秀题字。古代文人墨客历来喜好游山玩水，每见到一处可以直抒胸臆的景点便作诗题字，好不雅兴！其中有一首是这样与清华古洞的：
万古何人凿混沌，此间胜景统清华。
天开小有三窗豁，径转通明一道斜。
世上奇书难卒读，从来好事总堪嗟。
太息彩云深锁处，秋淫横潦暮栖鹅。
美空军莫尼中尉纪念碑
二次世界大战期间，对中国生死攸关、举世闻名的驼峰航线、滇缅公路、中印输油管都奇迹般地汇集在滇西祥云，使这里成为盟军在远东最重要的战略反攻基地。
清华古洞作为当时弹药存储的地方，也是油库，见证了祥云一段硝烟弥漫的往事。今天，当年的那些浴血奋战早已灰飞烟灭，岁岁枯荣的青绿掩盖了昔日的伤痕。国家级森林公园清华古洞上方便有“美空军莫尼中尉纪念碑”。莫尼中尉是著名的飞虎队队员，在一次空战中决然地驾驶战鹰，撞向敌机，为了不让飞机坠毀在人群密集的县城，莫尼中尉错过了最佳跳伞时机，飞机撞上了清华古洞的山顶。莫尼中尉抢救无效栖牲。
当地人为了纪念他而修建了美空军莫尼中尉纪念碑。原碑高3米，碑柱正面轴线上刻〝美空军莫尼中尉纪念碑”，左边刻 “祥云民众建”，右边刻立碑日期，都是中国楷书汉字。这座纪念碑建于1943年7月13 日，是当年祥云县城的名医、也是抢救莫尼中尉的董齐元先生会同知名人士发起倡议和社会各界民众踊跃响应捐资出力建立的。1992年10月29日，祥云县人民政府又重新修葺了一遍。据说这是第二次世界大战中为美军个人所立的唯一的一座纪念碑。大家有兴趣的可以去看一下。
主洞
清华古洞的主洞了也是清华古洞最大的一个洞，洞口向东，呈黄色，古色斑驳，宽80余米，高30余米，可以容纳近千人，四壁石笋、石柱、石台天工自成，西北面洞壁有一容单人躬身而进的小洞，深不可测。
天窗“碟大天”
洞口顶壁有一个很小的小孔通到山顶，这就是“碟大天”，这处奇观只有在太阳当顶、光线垂直射下时才能看得到。关于“碟大天”，当地民间还有一个传说。传说唐僧带八戒、沙僧晾晒经文时，居住在清华古洞里的蚊子精，趁着孙悟空在青海湖上与鲤鱼精打斗，把唐僧抓进了清华古洞，打算强迫唐僧与她结为夫妻。降灭了鲈鱼精的孙悟空知道后，追到清华古洞，剿杀了蚊子精。金箍棒朝上一桶，就留下了清华古洞的神来之笔—“碟大天”。
祥云有“西游之乡”的说法，也并非空穴来风。祥云境内还有晒经坡等景致，地名也都是自古沿袭下来的，所有当地的村名都坚信，祥云是孙悟空的故乡。
石笋倒挂
在石灰岩地区，水对这种独特的地貌形成有关键性的作用。从地面流入地下的水，大多已溶解有一定量的碳酸钙，但当其达到溶洞时由于环境中温度、压力的变化，会使水中含有的二氧化碳被释放出来。于是水对碳酸钙的溶解力降低，使本来溶解在水中的碳酸钙结晶析出。此外滴落到溶洞中的水有时也会因蒸发而使在洞顶的碳酸钙晶体向下生长，便成为钟乳石；若滴在洞底再凝结出来，向上生长便形成石笋；钟乳石和石笋在生长中逐渐衔接成为一体，就是石柱。当然，还有地壳的运动等各种复杂的原因。
由此可以判断，在以前，清华古洞地区是有丰富的水资源的，但历经漫长的岁月变迁以后，这里的水渐新地枯竭了，这也成为开发清华古洞的关键难题，开发的时候为此可是折腾了很久，才有了今天落水有声的这般景象。这里的有一些点是后来才发掘的，像石虎下山，龙马呈祥…•大家可以自己去探索，还有很多是连我们的工作人员都没有发现的。
说起清华古洞的蝙蝠，也是有一段有趣的故事。一般情况下，到了冬天，蝙蝠都会冬眠。进入晚秋，蝙蝠的休眠期也就到了。但是清华古洞内的蝙蝠却不会冬眠，常年活跃。这个独特的现象也成为了祥云县的一大景观。以前有关专家在这里抓到过亚洲最大的蝙蝠。
有人猜测，可能是洞内较阴暗，加之温度相对稳定，湿度较大，洞内食物充足，适宜于蝙蝠常年活动，从而使生长在这里的蝙蝠有了不冬眠的习惯。但这仅是猜测而已，清华古洞蝙蝠不冬眠的真正原因，至今都还没有一个科学的说法。
大家知道吗？由于蝙蝠的“蝠”字与福气的 “福” 宇谐音，因此在中华文化中，蝙蝠是幸福、福气的象征。蝙蝠的造型也常出现在很多中华传统图案中，比如“五福捧寿”，就是五只蝙蝠围绕着一个寿字。然而到了现代由于吸血鬼电影的影响，金庸武俠小说的青翼蝠王等，蝙蝠因此有了邪气和吸血的特征，与传统文化大不一样了。
清华寺
清华寺虽然不如水目山那样规模宏大，但它的历史也是很悠久的，大家请看一旁的石刻，上面详细地介绍了清华寺的历史。
大家可能知道，在佛教的文化里，“清华” 寓意极乐胜地，正合了古洞清静幽深之意，清华古洞和清华古寺也故此得名。寺与洞相依相生，洞的清幽，寺的神香，真是一处清凉之地。
清华寺始建于1639年，1857年毁于兵燹，1867重新修建，直到1887年才被称为“清华寺”。在当地民间，流传着老和尚到清华古洞里坐禅，最后得道升天的故事。由于相关史料巴流失，我们现在也无从考证当年有多少高僧在清华古洞修行过，但看两者的名字如此相近，就已知它们之间有着丝万缕的关系。
